Display options
Share it on

Noncoding RNA. 2017 Dec 20;3(4). doi: 10.3390/ncrna3040025.

Roles of Non-Coding RNA in Sugarcane-Microbe Interaction.

Non-coding RNA

Flávia Thiebaut, Cristian A Rojas, Clícia Grativol, Edmundo P da R Calixto, Mariana R Motta, Helkin G F Ballesteros, Barbara Peixoto, Berenice N S de Lima, Lucas M Vieira, Maria Emilia Walter, Elvismary M de Armas, Júlio O P Entenza, Sergio Lifschitz, Laurent Farinelli, Adriana S Hemerly, Paulo C G Ferreira

Affiliations

  1. Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil. [email protected].
  2. Universidade Federal da INTEGRAÇÃO Latino-Americana, Foz do Iguaçu 85866-000, Brazil. [email protected].
  3. Laboratório de Química e Função de Proteínas e Peptídeos, Universidade Estadual do Norte Fluminense, Campos dos Goytacazes 28013-602, Brazil. [email protected].
  4. Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil. [email protected].
  5. Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil. [email protected].
  6. Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil. [email protected].
  7. Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil. [email protected].
  8. Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil. [email protected].
  9. Departamento de Ciência da Computação, Universidade de Brasília, Brasília 70910-900, Brazil. [email protected].
  10. Departamento de Ciência da Computação, Universidade de Brasília, Brasília 70910-900, Brazil. [email protected].
  11. Departamento de Informática, Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 22451-900, Brazil. [email protected].
  12. Departamento de Informática, Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 22451-900, Brazil. [email protected].
  13. Departamento de Informática, Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 22451-900, Brazil. [email protected].
  14. Fasteris SA, 1228 Plan-les-Ouates, Switzerland. [email protected].
  15. Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil. [email protected].
  16. Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil. [email protected].

PMID: 29657296 PMCID: PMC5831913 DOI: 10.3390/ncrna3040025

Abstract

Studies have highlighted the importance of non-coding RNA regulation in plant-microbe interaction. However, the roles of sugarcane microRNAs (miRNAs) in the regulation of disease responses have not been investigated. Firstly, we screened the sRNA transcriptome of sugarcane infected with

Keywords: Acidovorax avenae; diazotrophic bacteria; microRNA; pathogen; siRNA

References

  1. Mol Plant Microbe Interact. 2010 Jul;23(7):915-26 - PubMed
  2. Plant J. 2014 Jul;79(1):162-72 - PubMed
  3. PLoS One. 2011;6(12):e28729 - PubMed
  4. Plant Methods. 2007 Oct 12;3:12 - PubMed
  5. Nucleic Acids Res. 2005 Nov 27;33(20):e179 - PubMed
  6. Annu Rev Plant Biol. 2009;60:485-510 - PubMed
  7. Plant J. 2007 May;50(4):574-85 - PubMed
  8. Biotechnol Lett. 2012 Apr;34(4):737-45 - PubMed
  9. New Phytol. 2014 Jan;201(2):574-84 - PubMed
  10. Plant Mol Biol. 2013 Feb;81(3):273-86 - PubMed
  11. Plant Mol Biol. 2011 Jan;75(1-2):93-105 - PubMed
  12. BMC Genomics. 2014 Sep 06;15:766 - PubMed
  13. Sci Rep. 2017 Mar 23;7:44898 - PubMed
  14. Methods. 2001 Dec;25(4):402-8 - PubMed
  15. J Exp Bot. 2007;58(3):673-86 - PubMed
  16. Cell. 2009 Feb 20;136(4):669-87 - PubMed
  17. PLoS One. 2016 Dec 9;11(12 ):e0166473 - PubMed
  18. Dev Cell. 2005 Apr;8(4):517-27 - PubMed
  19. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2015 Jun;13(3):137-47 - PubMed
  20. Plant Cell. 2002 Jul;14(7):1605-19 - PubMed
  21. PLoS One. 2010 Jun 30;5(6):e11387 - PubMed
  22. BMC Plant Biol. 2010 Nov 24;10:260 - PubMed
  23. BMC Genomics. 2015 Oct 15;16:793 - PubMed
  24. Genes Dev. 2002 Jul 1;16(13):1616-26 - PubMed
  25. Biochem Biophys Res Commun. 2013 Jun 28;436(2):111-4 - PubMed
  26. New Phytol. 2009 Jun;182(4):799-816 - PubMed
  27. BMC Genomics. 2012 Jul 02;13:290 - PubMed
  28. Genes Dev. 2007 Dec 1;21(23):3123-34 - PubMed
  29. Plant Cell Environ. 2012 Mar;35(3):502-12 - PubMed
  30. Nat Genet. 2007 Aug;39(8):1033-7 - PubMed
  31. Genes (Basel). 2012 Mar 08;3(1):176-90 - PubMed
  32. J Biochem. 1999 Jan;125(1):1-8 - PubMed
  33. BMC Genomics. 2008 Apr 10;9:160 - PubMed
  34. Genome Biol. 2016 Jan 26;17 :13 - PubMed
  35. J Biol Chem. 2007 Jun 1;282(22):16369-78 - PubMed
  36. Plant Cell. 2009 Sep;21(9):2780-96 - PubMed
  37. Nucleic Acids Res. 2011 Jul;39(Web Server issue):W155-9 - PubMed
  38. J Exp Bot. 2006;57(3):559-69 - PubMed
  39. FEBS Lett. 2004 May 21;566(1-3):1-5 - PubMed
  40. Plant Sci. 2017 Oct;263:89-93 - PubMed
  41. Curr Opin Plant Biol. 2002 Apr;5(2):122-7 - PubMed
  42. Sci Rep. 2016 Jun 30;6:28774 - PubMed
  43. J Biol Chem. 2008 Jun 6;283(23):15932-45 - PubMed
  44. Genome Res. 2008 Oct;18(10):1602-9 - PubMed
  45. Annu Rev Plant Biol. 2013;64:137-59 - PubMed
  46. Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol. 1997 Jun;48:251-275 - PubMed
  47. PLoS One. 2014 Dec 09;9(12):e114744 - PubMed
  48. Mol Cell. 2004 Jun 18;14(6):787-99 - PubMed
  49. PLoS Comput Biol. 2009 Sep;5(9):e1000502 - PubMed
  50. Plant Cell. 2004 Aug;16(8):2001-19 - PubMed
  51. PLoS Biol. 2007 Mar;5(3):e57 - PubMed
  52. Annu Rev Phytopathol. 2010;48:225-46 - PubMed
  53. Plant Cell. 1995 Jul;7(7):1001-1013 - PubMed
  54. Plant Cell. 2010 Sep;22(9):3164-76 - PubMed
  55. PLoS One. 2013 Dec 31;8(12):e84390 - PubMed
  56. Bioinformatics. 2012 Aug 1;28(15):2059-61 - PubMed
  57. Curr Opin Plant Biol. 2007 Oct;10(5):512-9 - PubMed
  58. Biochem Biophys Res Commun. 2009 Aug 14;386(1):6-10 - PubMed
  59. Int J Syst Bacteriol. 1992 Jan;42(1):107-19 - PubMed
  60. Planta. 2009 Mar;229(4):1009-14 - PubMed
  61. Science. 2008 Aug 15;321(5891):964-7 - PubMed
  62. J Integr Plant Biol. 2011 Nov;53(11):879-91 - PubMed
  63. Curr Opin Plant Biol. 2005 Feb;8(1):38-44 - PubMed
  64. Plant Physiol. 2010 Apr;152(4):2222-31 - PubMed
  65. J Biol Chem. 2004 Apr 9;279(15):15348-55 - PubMed
  66. Bioinformatics. 2017 Aug 15;33(16):2446-2454 - PubMed
  67. Plant Cell. 2008 Dec;20(12):3186-90 - PubMed
  68. Plant Mol Biol. 2016 Apr;90(6):561-74 - PubMed
  69. Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D140-4 - PubMed
  70. Plant Cell. 2012 Nov;24(11):4333-45 - PubMed
  71. World J Microbiol Biotechnol. 1994 Jul;10(4):401-5 - PubMed
  72. J Exp Bot. 2001 Apr;52(357):747-60 - PubMed
  73. Science. 2006 Apr 21;312(5772):436-9 - PubMed
  74. PLoS One. 2014 Jun 03;9(6):e98958 - PubMed
  75. Cell Mol Life Sci. 2006 Jan;63(2):246-54 - PubMed
  76. Noncoding RNA. 2017 Mar 04;3(1):null - PubMed

Publication Types